Населяет' длиннохвостый орел главным образом безлесные горы, но держится на небольшой высоте и вылетает для охоты в равнины. Гнездится он на скалах, в исключительных случаях также на деревьях. Обычно гнездо устраивается в нише отвесной скалы. Оно состоит из кучи сухих веток и имеет плоский лоток, выстланный сухой травой, поверх которой кладутся зеленые ветки, от времени до времени возобновляемые. Время гнездования начинается весьма рано. Полные кладки, содержащие обыкновенно 2 яйца, в Южной Европе бывают в феврале или начале марта. Длина яиц 73—64 мм, ширина 57—49 мм. Окраска белая, одноцветная или с небольшим количеством краснобурых пятен. Наседный период длится около 40 дней, причем насиживает главным образом самка. Птенцы вылупляются в первом пуховом наряде, который в конце второй декады сменяется вторым, бледносероватым, сверху с коричневатым налетом. Линька начинается и кончается к зиме.